Après avoir été accidentellement exposé a un produit mutagène, quatre tortues sont recueillies par un rat nommé Splinter qui les élève comme ses propres enfants et leur apprend l’usage des arts martiaux. Le jour de leur 15ème anniversaire, les Tortues Ninja sont autorisés à sortir pour la 1re fois des égouts où elles ont été élevées et peuvent enfin visiter les rues de New York ! Mais la grosse pomme réserve quelques surprises à nos quatre intrépides, les ennuis ne font que commencer !