Sur les traces du meurtrier de son père, Ryûko Matoi, 17 ans, arrive dans une ville dominée par l’académie Honnôji, un institut d’élite placé sous le joug de Satsuki Kiryûin, présidente du conseil des élèves. La jeune fille découvre un système méritocratique, où les uniformes Goku, dotés de pouvoirs surnaturels, assurent à leurs porteurs une domination absolue. Transférée dans cet établissement et armée du « Scissor Blade » et vêtue de Senketsu, son uniforme aux pouvoirs sanguinaires, Ryûko s’érige en tant qu’unique opposante à ce régime tyrannique. Perçue désormais comme une menace par la direction, elle décide de défier Satsuki, dans l’espoir de faire la lumière sur les événements passés.