Vers la fin d'un XIXe siècle imaginaire et particulièrement gothique, le jeune Allen Walker est un exorciste appartenant à un ordre spécial appelé Congrégation de l'Ombre. Le but de cet ordre est d'affronter et d'éliminer des armes vivantes appelées Akuma (arme créé avec l'âme d'un mort et le corps d'un de ses proches), ainsi que leur créateur, le Comte Millénaire, dont le but est de détruire le monde et la race humaine. Pour mener à bien ce combat, les exorcistes disposent chacun d'une Innocence, sorte d'arme personnelle fantastique extrêmement rare. Mais voila que le clan de Noé (amis du Comte Millénaire), vient faire son apparition sur le champ de bataille des exorcistes. Ils sont des êtres semi-humains, se disent les descendants de Noé, et sont dotés d'une puissance phénoménale, mettant les exorcistes sur le tapis. La lutte est rude pour sortir le monde de l'emprise des ténèbres…