"L'Institut" nous plonge dans les mystères d'une organisation secrète qui enlève des enfants dotés de pouvoirs psychiques et les utilise pour des missions ultrasecrètes dans le but de "sauver le monde". Luke Ellis, un surdoué qui a le pouvoir de télékinésie, est le dernier kidnappé. Il est déterminé à s'échapper avec ses nouveaux amis et espère trouver un moyen de faire tomber l'organisation.

Un an après l’accident qui l'a rendue amnésique, Cadence, 17 ans, retourne à Beechwood, une île au large de Martha's Vineyard, pour trouver des réponses. Trois générations de la famille Sinclair se réunissent dans une utopie estivale privée, mais personne ne veut parler de l'accident – ni ses amis d'enfance, “Les menteurs”, ni son premier amour Gat. Elle doit alors découvrir la vérité toute seule.